FASTA文件拆分&合并
FASTA文件拆分:
1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中
awk -v RS=’>‘‘NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print “>”$0}’ a.fasta|sed ‘/^$/d’>b.fasta
2.将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中
awk ‘/^>/{f=++d”.fasta”} {print > f}’ input.fasta
FASTA文件合并:
cat *.fasta > output.fasta
awk是Unix/Linux下的一种用于文本处理的编程语言,Sed是Unix/Linux下的一种流编辑器。功能都非常强大。这些操作用Python或Perl编程也很容易实现,但不如命令行这么直截了当。 在Windows下如果安装了Cygwin(windows linux 模拟器)这个软件,也可以使用这些命令。
其实,用普通的bash 代码就能做到文件序列查询与替换,但是始终是有点麻烦,所以接下来,我想说,有个很好用的东西!!!!最适合做生物科研的语言是“bio-python”,因为里面有一大堆现成的代码,那些用perl的实在是太麻烦了~~~~~ 详情,见另外(无限更新)文章——我的biopython使用笔记......
我来纠错的,Bioperl也是很厉害的东西orz详情见(无限更新)bioperl使用笔记......
#2
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